Tương truyền pháp sư Tỳ Ni Đa Lưu Chi từ Ấn Độ sang Việt Nam năm 580 truyền dạy cả Thiền lẫn Mật. Các Thiền sư thời này không chỉ uyên thâm về Phật pháp, mà nhiều vị còn rất có uy tín với triều đình. Đặc biệt, các thiền sư dòng Tỳ Ni Đa Lưu Chi thường có hình thức tu tập “Tổng Trì Tam Muội” (Dharani samadhi), một hình thức tu tập phổ biến của Mật giáo (Tantrism), dùng chân ngôn kết hợp với ấn quyết trong trạng thái đại định để đạt tam mật tương ưng. Năm 1963 tại Hoa Lư, Ninh Bình, đã phát hiện một cột kinh Phật bằng đá vào thế kỉ thứ 10. Cột kinh này do Đinh Liễn, con của Đinh Tiên Hoàng, dựng năm 973. Trên cột có khắc bài thần chú Phật Đỉnh Tối Thắng Đà La Ni (Usnisavijaya dharani), một thần chú phổ biến của Mật tông. Năm 1964, phát hiện được cột kinh thứ hai. Năm 1978, lại phát hiện thêm 14 cột kinh tương tự ở Hoa Lư. Trên các cột kinh này đều có khắc chú Phật đỉnh Tôn thắng Đà-la-ni (Usnisavijaya dharani). Đây là bài chú bằng chữ Hán phiên âm từ tiếng Phạn. Mười bốn cột kinh nói trên đều không còn nguyên vẹn, nhưng xét những dòng chữ còn lại thì thấy các minh văn tương đối giống nhau. Trong đó, có ba cột còn khá nguyên vẹn, có thể đọc được đầy đủ các dòng chữ. Một số những ấn, chú, linh phù đã phổ biến từ rất lâu trong quá khứ được coi như dấu vết của Mật Tông trong Phật giáo Việt Nam. Phật tử Việt Nam rất quen thuộc với các thần chú như Ngũ bộ chú, Lục tự đại minh thần chú, chú Chuẩn Đề, chú Tỳ lư giá na, chú Đại Bi… Khoảng thế kỉ 11, Phật giáo Việt Nam xuất hiện nhiều hành giả có thành tựu trong tu tập thực chứng, mà sự tu tập có liên hệ đến các pháp hành trì Đông Mật. như sư Vạn Hạnh đến Thánh Tổ Từ Đạo Hạnh, Minh Không, Không Lộ, v.v… Qua ghi chép cho thấy Mật tông ở Việt Nam được phát triển mạnh vào khoảng thế kỷ XXI, các nghi quỹ và tài liệu nghiên cứu chủ yếu dòng Đông Mật được truyền từ Trung Quốc sang.